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医療法人社団豊正会 大垣中央病院
大垣市見取町にある医療法人社団豊正会の病院。病床数は60床で、内科・外科・整形外科・消化器内科・循環器内科・泌尿器科・糖尿病内科・腎臓内科・リウマチ科などを診療し、人工透析センターやリハビリテーションセンター、訪問看護、健診・人間ドックにも対応している。
西濃病院
大垣市大外羽にある医療法人社団明星会の精神科病院で、昭和49年に開設された。病床数は198床で、精神科・心療内科・内科を診療し、うつ病・統合失調症・不安障害・睡眠障害・認知症などに薬物療法や精神療法、作業療法で対応する。精神科訪問診療・訪問看護も行っている。
大垣市民病院
大垣市南頬町にある市立の総合病院。病床数は817床で、内科・外科・小児科・産婦人科・精神科・整形外科・脳神経外科など幅広い診療科を持つ。地域がん診療連携拠点病院・災害拠点病院で、24時間体制の救急外来やロボット手術、緩和ケアセンターなどを備えた西濃地域の基幹病院。
医療法人徳洲会 大垣徳洲会病院
大垣市林町にある医療法人徳洲会の総合病院で、アクアウォーク大垣の北側に位置する。病床数は283床で、内科・外科・小児科・整形外科・産婦人科・循環器内科・脳神経外科・泌尿器科など幅広い診療科を持ち、予約センターや健診センター、地域医療連携の窓口も設けている。