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独立行政法人国立病院機構函館医療センター
函館市川原町にある独立行政法人国立病院機構の病院。病床数は360床で、循環器内科・呼吸器内科・消化器内科・外科・心臓血管外科・乳腺外科・脳神経外科・婦人科などを診療する。重症心身障がい者病棟やがん相談支援センターを持ち、手術支援ロボットも導入している。
市立函館病院
函館市港町にある函館市立の総合病院。1860年に北海道で初めての病院として開設された歴史を持つ南北海道の基幹病院で、病床数は549床。多くの診療科を持ち、地域がん診療拠点病院・地域医療支援病院として救急医療や夜間こども急患室も担う。
社会福祉法人北海道社会事業協会 函館病院
函館市駒場町にある社会福祉法人北海道社会事業協会の病院。病床数は286床で、内科・外科・整形外科・消化器内科・循環器内科・泌尿器科・皮膚科・耳鼻咽喉科・心療内科・リハビリテーション科などを診療する。健診センターや入退院支援センターを持つ。
公益社団法人函館市医師会 函館市医師会病院
函館市富岡町にある公益社団法人函館市医師会の病院。病床数は199床で、内科・外科・整形外科・脳神経外科・消化器内科・循環器内科・呼吸器内科などを診療する。地域のかかりつけ医と連携した紹介受診を中心に、地域包括ケア病棟や訪問看護も運営している。
函館中央病院
函館市本町にある社会福祉法人函館厚生院の総合病院。病床数は527床で、内科・外科・小児科・産婦人科・精神科・整形外科・眼科など多くの診療科を持つ。がん診療や周産期医療、ロボット支援下手術に取り組み、救急・集中治療や人間ドック・健診も行う。
社会福祉法人函館厚生院 函館五稜郭病院
函館市五稜郭町にある社会福祉法人函館厚生院の総合病院。病床数は480床で、内科・外科・小児科・産婦人科・整形外科・眼科・耳鼻咽喉科など多くの診療科を持つ。がん診療連携拠点病院・がんゲノム医療連携病院の指定を受け、臨床研修指定病院でもある。
社会医療法人道南勤労者医療協会 道南勤医協函館稜北病院
函館市中道にある社会医療法人道南勤労者医療協会の病院。病床数は104床で、内科・整形外科・消化器内科・循環器内科・呼吸器内科・リハビリテーション科を診療する。訪問診療や装具の相談窓口も行い、日本医療機能評価機構の認定病院。
亀田病院
函館市昭和にある社会医療法人文珠会の病院。病床数は179床で、内科・整形外科・泌尿器科・脳神経外科・消化器内科・循環器内科・リハビリテーション科などを診療する。1963年の開設以来地域に密着し、亜急性期から回復期のリハビリ、訪問診療・訪問リハビリにも対応している。
亀田北病院
函館市石川町にある社会医療法人文珠会の精神科病院。病床数は398床で、精神科・心療内科・もの忘れ外来・内科・リハビリテーション科を診療する。認知症疾患医療センターとして地域の医療・介護機関と連携し、デイケアも行っている。
社会医療法人 高橋病院
函館市時任町にある社会医療法人の病院。病床数は119床で、内科・整形外科・泌尿器科・循環器内科・呼吸器内科などを診療する。回復期リハビリテーション病棟や地域包括ケア病棟を持ち、訪問診療・訪問リハビリなどで在宅での暮らしも支えている。
社会医療法人仁生会 西堀病院
函館市中道にある社会医療法人仁生会の病院。病床数は168床で、内科・外科・整形外科・消化器内科・循環器内科・皮膚科・形成外科などを診療する。訪問リハビリ・通所リハビリ・訪問看護や地域包括支援センターも運営し、病院と在宅をつなぐ医療と介護に力を入れている。
社会医療法人 函館博栄会 函館渡辺病院
函館市湯川町にある社会医療法人函館博栄会の病院。病床数は515床(一般120床・精神395床)で、精神科・児童精神科・老年精神科と、内科・外科・整形外科・皮膚科などの身体科を併せ持ち、こころと体の両面から診療を行っている。
医療法人同仁会函館記念病院
函館市亀田本町にある医療法人同仁会の病院。病床数は199床。外来では内科と精神科(認知症外来)を中心に診療し、発熱外来や健康診断の相談にも応じている。地域医療連携室を置き、入院の受け入れも行う。
社会医療法人函館脳神経外科 函館脳神経外科病院
函館市神山にある社会医療法人の脳神経外科病院。病床数は128床で、脳神経外科・脳神経内科・循環器内科・リハビリテーション科を診療する。夜間は電話で相談のうえ受診を受け付けており、脳ドックも実施している。七飯町に系列のクリニックがある。
医療法人社団江山会 江口眼科病院
函館市末広町にある医療法人社団江山会の眼科専門病院。入院ベッドは49床で、白内障や緑内障の診療・手術、ICL、小児眼科、コンタクトレンズまで眼科の診療を幅広く行う。厚生労働省の先進医療の認定施設になっている。
医療法人 雄心会 函館新都市病院
函館市石川町にある医療法人雄心会の病院。昭和62年開院で病床数は155床。脳神経外科の急性期医療と予防医学を中心に、脳神経内科・循環器内科・整形外科・内科・小児科・皮膚科なども診療し、救急外来や健康診断・検診も行っている。
医療法人社団健和会函館おおむら整形外科病院
函館市石川町にある医療法人社団健和会の整形外科病院。病床数は56床で、整形外科・脊椎外科・人工関節外科・リハビリテーション科を診療し、スポーツ外来も設けている。法人では介護老人保健施設や在宅支援サービスも運営する。
共愛会病院
函館市中島町にある総合病院。病床数は378床で、内科・外科・整形外科・小児科・産婦人科・精神科・泌尿器科・眼科・皮膚科・形成外科・リハビリテーション科など幅広い診療科と歯科口腔外科を持ち、健診・ドックも行う。