熊本県にある博物館法の登録博物館と指定施設のうち、タウンデータに掲載している館の一覧である。熊本市内の館 (県立の施設を除く) は熊本市教育委員会が、それ以外の館は熊本県教育委員会が登録・指定を行う。県への申請の事前相談の窓口は、教育庁教育総務局の文化課である。制度については「登録博物館・指定施設とは」で説明している。