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独立行政法人国立病院機構 さいがた医療センター
上越市大潟区犀潟にある国立病院機構の病院。病床数は377床で、精神科と脳神経内科を中心に、アルコールや薬物などの依存症診療、治療抵抗性統合失調症の治療、精神科の急性期・慢性期治療を行う。新潟県の依存症治療拠点機関や災害拠点精神科病院でもある。
新潟県立中央病院
上越市新南町にある県立の総合病院。病床数は530床で、内科系・外科系に小児科・産婦人科・精神科・眼科・耳鼻咽喉科などをそろえ、救急外来も受け付ける。上越地域の内視鏡診療を担う内視鏡センターや、がん相談支援センターを設けている。
新潟県立柿崎病院
上越市柿崎区柿崎にある県立の病院。一般病床55床で、内科・外科・整形外科・眼科・皮膚科・耳鼻咽喉科・婦人科・リハビリテーション科などを診療する。24時間受付の救急外来を持ち、人間ドックや特定健診、予防接種も行う地域の病院。
新潟県厚生農業協同組合連合会 上越総合病院
上越市大道福田にある新潟県厚生農業協同組合連合会（厚生連）の総合病院。病床数は313床で、内科系・外科系に小児科・産婦人科・眼科・耳鼻咽喉科・泌尿器科・皮膚科などをそろえる。代表電話は24時間受付で、健康診断・人間ドックや臨床研修も行う。
三交病院
上越市大字塩屋にある医療法人社団三交会の精神科病院。病床数は144床。精神科医療で患者の社会復帰や地域生活を支え、アルコール関連障害やギャンブル等の依存症、児童・思春期の精神障害の治療にも取り組む。精神科デイケアや訪問看護、就労支援も行う。
高田西城病院
上越市西城町にある医療法人高田西城会の精神科病院で、高田公園に隣接する市街地にある。病床数は270床。精神科・心療内科・老年精神科・内科を診療し、精神科デイケアや精神科作業療法、自閉スペクトラム症の専門プログラム、認知症カフェなどにも取り組む。
川室記念病院
上越市北新保にある医療法人常心会の精神科病院。病床数は171床で、精神科・老年科を診療する。精神科デイ・ケアや精神科作業療法を行い、新潟県の精神科救急医療の指定病院にもなっている。外来通院向けに送迎バスも運行している。
医療法人 知命堂病院
上越市西城町にある医療法人知命堂病院。病床数は145床で、内科・循環器内科・外科・整形外科・泌尿器科・脳神経内科・婦人科を診療し、健康診断も行う。介護老人保健施設くびきのや訪問看護ステーション、地域包括支援センターも運営している。