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南魚沼市民病院
南魚沼市六日町にある市立病院で、2015年に開設された。病床数は152床で急性期・地域包括ケア・回復期リハビリの3病棟を持ち、内科・外科・整形外科・小児科・精神科など幅広く診療する。人工透析や救急外来、在宅療養支援も行い、スキー場の診療所も受け持つ。
齋藤記念病院
南魚沼市欠之上にある医療法人俊榮会の病院。病床数は98床で、脳神経外科・消化器外科・胸部外科・乳腺外科・整形外科・神経内科・内科などを診療する。脳卒中や頭部外傷に24時間対応する一次脳卒中センターの認定を受け、がん化学療法も行う。
五日町病院
南魚沼市五日町にある精神科病院。病床数は183床で、精神療養病棟・認知症治療病棟・精神一般病棟の3病棟を持ち、精神科・心療内科・内科を診療する。精神科デイケアや訪問診療・訪問看護、生活訓練施設やグループホームで地域生活も支えている。