京都市左京区の岡崎公園内にある市立動物園。アジアゾウなど多くの動物を飼育し、園内に生き物・学び・研究センターを設けて保全や研究、野生動物の救護にも取り組む。秋には夜間開園を行い、子ども向けのイベントや講座も多い。

京都市下京区の梅小路公園内にある水族館で、オリックス不動産が運営する。京都の川・里山・海をテーマに、由良川を再現した水槽の特別天然記念物オオサンショウウオ、館内最大の「京の海」大水槽、ペンギンやオットセイ、アザラシ、イルカなどを展示する。

京都市左京区一乗寺にある武田薬品工業の植物園で、1933年に薬草園として創設。約9.4haの園内で薬用植物を中心に約3,000種を保有し、日本薬局方の生薬の基原植物、漢方処方園、約500品種のツバキ園、温室などを設ける。企業運営の登録博物館。