台東区の上野恩賜公園内にある都立動物園で、1882年に開園した。東京動物園協会が管理し、約250種3,000点を飼育する。東園にはゴリラやトラ、ゾウ、ホッキョクグマ、西園にはキリンやカバ、ハシビロコウ、両生爬虫類館、子ども動物園などがある。

日野市の多摩丘陵に1958年に開園した都立動物園。東京動物園協会が管理し、50haを超える敷地で、檻の代わりに濠で仕切った放養式の展示を行う。ライオンバスやオランウータンのスカイウォーク、チョウが舞う昆虫生態園があり、トキなど希少種の保護増殖にも取り組む。

武蔵野市の井の頭恩賜公園内にある都立の動物園で、1942年開園。動物園（本園）と水生物園（分園）に分かれ、約160種のうち140種が日本産の動物。ニホンリスのいる中を歩ける「リスの小径」やツシマヤマネコの展示があり、彫刻家・北村西望の彫刻園も併設する。

伊豆大島北東部、大島町泉津の都立大島公園内にある動物園で、東京都大島支庁が案内している。レッサーパンダやワオキツネザル、フタコブラクダなどを飼育し、公園には椿園や亜熱帯植物を集めた植物園もある。伊豆諸島で唯一の動物園。

町田市薬師台、薬師池公園の隣にあるリスの動物園。特定非営利活動法人町田リス園が運営し、障がいのある人の就労支援施設として1988年に開園した。放し飼いの広場でクリハラリス（タイワンリス）を間近に観察でき、モルモットなども飼育している。

豊島区東池袋のサンシャインシティ、ワールドインポートマートビル屋上にある都市型水族館で、株式会社サンシャインシティが運営する。本館の「大海の旅」「水辺の旅」と屋外の「天空の旅」で構成され、大水槽サンシャインラグーンや頭上を泳ぐように見えるペンギン水槽などがある。

江戸川区の葛西臨海公園内にある都立水族館で、公益財団法人東京動物園協会が運営する。1989年開園。ガラスドームの入口が目印で、クロマグロが群泳する大水槽やペンギン展示場、東京湾から小笠原までの「東京の海」など500種超の水生生物を展示する。

品川区勝島のしながわ区民公園内にある区立の水族館で、1991年開館。「水辺とのふれあい」をテーマに、トンネル水槽やクラゲ展示、東京湾に注ぐ川の生き物などを展示し、イルカ・アシカ・アザラシのショーも行う。動物取扱業の表示上の事業者は株式会社サンシャインエンタプライズ。

墨田区押上の東京スカイツリータウン・ソラマチ5・6階にある屋内型の水族館で、オリックスグループが運営する。屋内開放型のペンギンプールや、水槽越しでなく上からクラゲを眺められる「ビッグシャーレ」、小笠原の海を再現した大水槽、チンアナゴの展示などがある。

江戸川区北葛西の行船公園内にある区の動物園で、公益財団法人えどがわ環境財団が運営する。ペンギンプールなど身近に動物を観察できる展示があり、ふれあいコーナーでは時間を区切った入替制で小動物とふれあえる。

足立区保木間にある区立の動物園。昆虫・魚類・両生類・は虫類・鳥類・哺乳類など約400種を飼育し、チョウが舞う大温室や生きものを放し飼いにしたオーストラリアドーム、ふれあいコーナー、スタッフが常駐する解説コーナーがある。

港区高輪、品川駅高輪口から徒歩約2分の品川プリンスホテル内にある水族館。株式会社横浜八景島が運営し、生きものの展示に加えて館内にアトラクションも備える。館名はマクセル株式会社とのパートナーシップによるもの。