福岡市東区の海の中道にある水族館。九州の海をテーマに、外洋大水槽や九州の深海、奄美の海と森などのゾーンを設け、イルカ・アシカショーを行う。シロワニやスナメリの調査研究にも取り組む。株式会社海の中道海洋生態科学館が運営。
大分市神崎にある水族館で、高崎山自然動物園と駐車場を共用する。セイウチやアザラシ、トドなどの海獣とのふれあいに力を入れ、屋外には砂浜のプール「あそびーち」がある。株式会社マリーンパレスが運営し、津久見市の「つくみイルカ島」も手がける。
鹿児島市本港新町の鹿児島港に面した水族館。錦江湾から南西諸島までの生き物約800種を展示し、ジンベエザメの大水槽や深海生物サツマハオリムシ、イルカが泳ぐ水路の展示がある。公益財団法人鹿児島市水族館公社が運営。
長崎市宿町にある水族館。一般財団法人長崎ロープウェイ・水族館が運営し、9種のペンギンを飼育する。屋外には「ふれあいペンギンビーチ」や棚田・渓流・海岸林などを再現した自然体験エリアがあり、5〜9月はカヤック体験も行う。
本部町の海洋博公園 (国営沖縄記念公園海洋博覧会地区) 内にある水族館。2002年開館の登録博物館で、黒潮・サンゴ礁・深海の3つを軸に沖縄の海の生き物を展示し、最大水槽「黒潮の海」は約7,500m³。周辺にはイルカのオキちゃん劇場やウミガメ館、マナティー館がある。
札幌市中央区の都心にある北海道大学の植物園。1886年に開園した日本で2番目に古い植物園で、約13haの園内に高山植物園や北方民族植物標本園などを設け約4,000種を植栽する。博物館本館などは国の重要文化財。
登別温泉街からロープウェイで上る山頂にある、ヒグマを中心に飼育する動物園。登別温泉ケーブル株式会社が運営する。園内には剥製や骨格標本でヒグマの生態を紹介するヒグマ博物館、クッタラ湖を望む展望台、アイヌ文化を紹介するユーカラの里がある。
山形市神尾にある山形市の野草園。一般財団法人山形市都市振興公社が指定管理者として運営する。季節ごとに見どころの植物を示したマップを配り、バードウォッチングや四季観察会、ガイドウォーキングなど自然観察の催しを開いている。
茨城県大洗町磯浜町にある水族館。鉄筋コンクリート5階建ての館内に約60の展示水槽を備え、約580種を展示する。サメの展示に力を入れ、イルカ・アシカのオーシャンライブや土曜夜の夜間営業も行っている。
藤沢市片瀬海岸にある水族館。株式会社新江ノ島水族館が運営し、相模湾の生き物を見せる相模湾ゾーンやクラゲファンタジーホール、JAMSTECと共同研究する深海コーナー、イルカショースタジアム、ペンギン・アザラシの展示などを備える。
佐渡市羽茂飯岡にある佐渡市の植物園。園内は12のゾーンと温室からなり、四季の植物を見られる。管理棟では創設に携わった植物学者・牧野富太郎をパネルで紹介し、明治神宮から株分けされた花菖蒲の菖蒲園もある。
魚津市三ケにある水族館。1913年に初代館が開かれ、現在の建物は1981年開館の三代目。「北アルプスの渓流から日本海の深海まで」をテーマに富山県・富山湾の水生生物を中心に展示し、富山湾大水槽にはアクリル製の水中トンネルがある。
富山市婦中町上轡田にある総合植物園で、登録博物館。1993年に屋外展示園を公開し、1996年に温室を整えて全面開園した。5棟の展示温室で熱帯雨林や高山、雲南の植物などを見せ、屋外にはボタン・シャクヤク園やサクラ・ウメ園がある。
各務原市川島笠田町の河川環境楽園内にある淡水魚の水族館。2004年開館。木曽三川・長良川の源流から河口までと世界の淡水域をテーマに約330種を展示し、イタセンパラなど岐阜県の希少な淡水生物の保全・繁殖にも取り組む。
山ノ内町の志賀高原、亜高山帯針葉樹林の中にある信州大学教育学部附属の野外教育施設。総延長約3.5kmの自然観察路、高山植物を植えたロックガーデン、志賀高原の哺乳類や鳥類の剥製を展示する資料館があり、開園期間中は受付不要で散策できる。
蒲郡市竹島町にある平屋建ての水族館。竹島開発株式会社が管理・運営する。深海生物の展示に力を入れ、深海魚のイベントも開くほか、アシカショーやカピバラショー、土曜のバックヤードツアーなども行う。2026年に創立70周年を迎えた。
美浜町奥田にある生き物とのふれあいを重視した水族館で、遊園地「南知多おもちゃ王国」を併設する。1980年開園。イルカショーのほか、ふれあいおさかな館でのタッチやエサやりなど、海の生き物と間近に接する体験を多く用意している。
河津町浜にある爬虫類・両生類を中心とした体感型の動物園。有限会社レップジャパンが運営する。爬虫類との距離を近づけた展示を掲げ、一部の外国産種は屋外で飼育展示している。姉妹施設に体感型カエル館KawaZooがある。
下田市の和歌の浦の入り江を生かした水族館。1967年開業で、下田アクアサービス株式会社が運営する。海に浮かぶアクアドームペリー号や海上ステージでのイルカ・アシカのショーのほか、イルカと触れ合う体験プログラムを多く用意している。
沼津市内浦長浜にある水族館で、伊豆箱根鉄道が運営する。駿河湾の一部を仕切った自然飼育場でアシカやアザラシ、オットセイを飼育し、イルカやアシカのショーを行うほか、子ども向けのキッズコーナーも備える。