神戸市北区、六甲山地の一角にある市立の樹木植物園。総面積142.6haに約1,200種の木本植物を北米・欧州・アジア・日本など原産地別の樹林として植栽する。あじさい園やシャクナゲ園があり、秋の紅葉散策も行われる。1940年創設。
神戸市灘区、六甲山頂付近の標高865mにある植物園で1933年開園。冷涼な気候を生かし、世界の高山植物・寒冷地植物、六甲の自生植物や山野草など約1,500種を野生に近い状態で栽培する。ロックガーデンや湿生植物区があり、春〜秋に開園する。
豊岡市祥雲寺にある兵庫県立の公園で、国の特別天然記念物コウノトリの保護増殖と野生復帰の拠点。観察広場やドーム型ケージで飼育個体を間近に観察でき、研究施設や大学院キャンパスも併設する。園内に豊岡市立コウノトリ文化館がある。
京都市左京区一乗寺にある武田薬品工業の植物園で、1933年に薬草園として創設。約9.4haの園内で薬用植物を中心に約3,000種を保有し、日本薬局方の生薬の基原植物、漢方処方園、約500品種のツバキ園、温室などを設ける。企業運営の登録博物館。
奈良市春日野町、春日大社の境内にある植物園。1932年 (昭和7年) に開園し、萬葉集に詠まれた植物約300種を植栽する。約3haの園内は萬葉園・五穀の里・椿園・藤の園で構成され、なるべく手を加えず自然に近い姿で植物を見せている。
和歌山県白浜町にある、京都大学フィールド科学教育研究センター瀬戸臨海実験所の付属水族館。白浜周辺の海にすむ無脊椎動物と魚の展示に重点を置き、カニやヒトデ、ロウニンアジなど約500種を常時展示する。解説ツアーや体験学習も行う。
和歌山県串本町有田にある海の複合施設で、水族館・海中展望塔・半潜水型海中観光船などからなる。水族館は目の前の海の水と生き物で串本の海中景観を再現し、サンゴや熱帯魚、ウミガメを展示。アカウミガメの繁殖研究にも取り組む。
出雲市園町、宍道湖西岸にある島根県立の体験学習型水族館。汽水湖の宍道湖・中海や県内の河川にすむ魚や水辺の生きものを中心に、約58の水槽で約200種を飼育展示する。生きもの観察会などの環境学習も行う。愛称ゴビウスはハゼを表すラテン語。
下関市あるかぽーとの関門海峡沿いにある市立水族館で、2001年開館。約70の水槽で約550種を展示し、関門海峡をテーマにした水槽や多種のフグ目魚類、ペンギン村、イルカとアシカのプレゼンテーション、シロナガスクジラの全身骨格標本などがある。
香川県宇多津町の瀬戸内海沿いにある水族館。「四国の水景」をテーマに、瀬戸内海・太平洋・清流・湖畔の各エリアで四国周辺の水辺の生きものを展示する。渦潮水槽や太平洋大水槽、瀬戸内海を背景にしたイルカのプール、ふれあい体験の水遊ゾーンがある。
室戸市室戸岬町にある、旧椎名小学校の校舎とプールを改修した水族館で、2018年4月に開館。屋外プールや校舎内の水槽で、地元の定置網にかかったウミガメや魚などを展示する。室戸市の観光施設として市のサイトで案内されている。
高知市の五台山にある県立植物園で、植物分類学者・牧野富太郎の業績を顕彰するため1958年に開園。起伏のある約8haの園地に、高知県の野生植物を中心に3,000種類以上を植栽する。温室や牧野富太郎記念館、牧野文庫、標本庫を備え研究活動も行う。
佐世保市鹿子前町の九十九島パールシーリゾート内にある水族館で、2009年に開館し佐世保市の指定管理者が運営する。九十九島周辺の海にすむ生きものの展示に重点を置き、九十九島湾大水槽やクラゲの展示、イルカのほか、真珠の玉出しなどの体験もある。
千歳市花園の道の駅サーモンパーク千歳に隣接する水族館。サケの仲間や北海道の淡水魚を中心に世界の淡水生物を展示する。千歳川の水中を窓越しに観察できる水中観察ゾーンがあり、秋には川を上るサケの群れが見られる。
鶴岡市今泉にある市立水族館で、愛称は東北エプソンアクアリウムかもすい。クラゲの展示に力を入れ、クラゲを集めたクラネタリウムや小さな生き物を見るマイクロアクアリウム、庄内の川や池・海の生き物の展示、ひれあし広場などがある。
江戸川区北葛西の行船公園内にある区の動物園で、公益財団法人えどがわ環境財団が運営する。ペンギンプールなど身近に動物を観察できる展示があり、ふれあいコーナーでは時間を区切った入替制で小動物とふれあえる。
足立区保木間にある区立の動物園。昆虫・魚類・両生類・は虫類・鳥類・哺乳類など約400種を飼育し、チョウが舞う大温室や生きものを放し飼いにしたオーストラリアドーム、ふれあいコーナー、スタッフが常駐する解説コーナーがある。
市川市大町にある市立の動植物園。動物たちとのふれあいをテーマにした動物園では、レッサーパンダやスマトラオランウータンなどを飼育し、モルモットやヤギなどにさわれるふれあいコーナーがある。自然観察園・バラ園・観賞植物園も併設する。
港区高輪、品川駅高輪口から徒歩約2分の品川プリンスホテル内にある水族館。株式会社横浜八景島が運営し、生きものの展示に加えて館内にアトラクションも備える。館名はマクセル株式会社とのパートナーシップによるもの。
横浜市金沢区の八景島にあるテーマパーク、横浜・八景島シーパラダイスの水族館群。海の生きものを幅広く展示するアクアミュージアムのほか、イルカを観察する水族館、生きものとのふれあい体験ができる水族館、自然の海を生かした水族館の4つで構成される。