墨田区押上の東京スカイツリータウン・ソラマチ5・6階にある屋内型の水族館で、オリックスグループが運営する。屋内開放型のペンギンプールや、水槽越しでなく上からクラゲを眺められる「ビッグシャーレ」、小笠原の海を再現した大水槽、チンアナゴの展示などがある。

川崎市川崎区、JR川崎駅前の商業ビル「川崎ルフロン」9・10階にある都市型水族館で、株式会社MOFFが運営する。2020年開業。多摩川からアジア・オセアニア、アフリカ、南米までの水辺を再現したゾーンで約300種を展示し、ピラルクやカピバラ、デジタル演出の展示もある。

南都留郡忍野村の「さかな公園」内にある県立の淡水魚専門水族館で、「森の中の水族館。」の愛称を持つ。富士山の湧水を使った水槽で、二重回遊水槽や里地里山・川・岸辺の魚の水槽、希少種の展示などがあり、運営は株式会社桔梗屋。

富山市西部、呉羽丘陵の城山公園内にある市の動物園で、公益財団法人富山市ファミリーパーク公社が管理する。1984年開園。里山の自然を生かし、郷土の動物を中心に約90種を飼育し、ニホンライチョウの保護増殖や郷土動物館、熱帯鳥類館「バードピア」などがある。

高岡市の国史跡・高岡城跡にある高岡古城公園内の市立動物園で、公益財団法人高岡市民文化振興事業団が指定管理する。1951年開園。堀に囲まれた緑の中でニホンザルやフンボルトペンギン、フラミンゴ、ミニチュアホース、小動物など約40種を飼育し、園内に自然資料館もある。

鯖江市の西山公園内にある市立動物園で、北京市との友好交流を機に北京動物園から希少動物の寄贈を受けて1985年に開園した。レッサーパンダの飼育・繁殖に力を入れ、屋内外の展示を備えた「レッサーパンダのいえ」があるほか、シロテテナガザルやタンチョウなども飼育する。

新潟市中央区の西海岸公園地区にある市立水族館で、公益財団法人新潟市海洋河川文化財団が運営する。1990年開館、2013年にリニューアル。展示を10のゾーンに分け、日本海大水槽や信濃川、ペンギン海岸、鰭脚類の屋外展示などで約600種を紹介している。

七尾市能登島ののとじま臨海公園内にある県の水族館で、公益財団法人石川県県民ふれあい公社が指定管理する。ジンベエザメをはじめ能登半島近海に生息・回遊する魚を中心に展示し、イルカ・アシカのショーやペンギンの散歩、海の自然生態館などもある。

小諸市の小諸城址懐古園内にある市立動物園で、懐古園事務所が窓口となる。2026年に開園100周年を迎えてリニューアルし、ライオンやフンボルトペンギン、ヤクシカ、ホンドタヌキなどに加え、プレーリードッグやアルパカ、チンチラが新たに仲間入りした。

須坂市の臥竜公園内にある市立動物園で、市の臥竜公園管理事務所が窓口となる。ベンガルトラやニホンツキノワグマ、アカカンガルー、カピバラ、トナカイ、ワオキツネザルなどの哺乳類と鳥類を飼育し、モルモットとふれあえる「ふれあいはうす」もある。

長野市篠ノ井の茶臼山にある市の動物園で、一般社団法人長野市開発公社が運営する。斜面に広がる園内でアムールトラやレッサーパンダなどを飼育し、北口駐車場から園へ上るモノレールの駅舎には蝶の博物館やオーストラリアハイギョの水槽もある。隣接して茶臼山恐竜園がある。

飯田市扇町、市街地の中心にある小規模な市立動物園で、1953年開園。改修で生活環境を再現したペンギンやコンドル、カモシカ、タヌキの展示場があり、ニホンザル・カピバラ・アルパカへのエサやりや園内を走る豆汽車も楽しめる。

三島市一番町、三島駅南口のすぐ南にある市立公園。小松宮彰仁親王の別邸跡で、国の天然記念物・名勝の小浜池や三島溶岩流、京風数寄屋造りの楽寿館が残る。レッサーパンダやカピバラ、アルパカがいるどうぶつ広場、のりもの広場、郷土資料館も備える。

裾野市須山に1980年に開園したサファリパーク。マイカーやジャングルバスでライオン、トラ、アジアゾウ、キリンなどがいるサファリゾーンを巡り、ふれあいゾーンではカピバラやレッサーパンダなどを間近に見られる。小泉アフリカ・ライオン・サファリ株式会社が運営し、夜間のナイトサファリも行う。

東伊豆町稲取の丘陵にある動物園と遊園地を併せた施設で、株式会社伊豆バイオパークが運営。キリンやシロサイ、シマウマなどの草食動物を放し飼いにしたウォーキングサファリ、ホワイトタイガーの猛獣館、小動物とのふれあい広場があり、稲取港を望む観覧車などの遊具もそろう。

伊東市富戸にある動物園と植物園を兼ねた施設。温室で世界各地のサボテンや多肉植物約1,500種を栽培し、約150種の動物を飼育する。放し飼いの動物やカピバラの露天風呂、ボートで島のサルを見るツアーなどが知られる。伊豆シャボテンリゾート株式会社のグループが運営。

東伊豆町奈良本、伊豆熱川駅前にある動植物園。温泉熱を利用した温室でワニ16種 (交雑含む) を飼育し、国内では当園のみのニシレッサーパンダやアマゾンマナティーも展示する。約20種以上のバナナ、睡蓮やランなど約5000種の熱帯植物を栽培している。

静岡市駿河区池田にある市立動物園。動物の習性を生かして間近や様々な角度から観察できる行動展示に力を入れ、レッサーパンダの飼育で知られる。ホッキョクグマ、アジアゾウ、ライオン、ボルネオオランウータンなど多くの動物を飼育している。

浜松市中央区舘山寺町にある市立動物園で、はままつフラワーパークに隣接する。ゴールデンライオンタマリンの飼育に力を入れており、アムールトラやアメリカバイソン、ニホンザルなどを展示。浜松市が運営し、NPO法人浜松市動物園協会が情報発信やイベントを担う。

名古屋市千種区東山元町にある市立の動植物園。約450種の動物と約7,000種の植物を擁し、コアラやニシローランドゴリラ、アジアゾウなどを飼育する。広い園内に動物園と植物園のほか遊園地や東山スカイタワーも併設し、植物園では季節の夜間ライトアップも行う。