多治見市東町の複合施設セラミックパークMINO内にある県立美術館。美濃焼の産地である東濃地方の文化と産業の拠点として2002年に開館した。19世紀末以降の国内外の近現代陶芸を、作家の作品から実用陶磁器・産業陶磁器まで幅広く集める。建物は磯崎新の設計。

関市小屋名の岐阜県百年公園内にある県立の総合博物館。置県100年を記念して1976年に開館した。考古・歴史・民俗・美術工芸の人文分野と、動物・植物・地学・古生物の自然分野にわたる岐阜県の資料を集めて研究し、恐竜の骨格レプリカや美濃の刀剣なども展示する。

各務原市川島竹早町にある、製薬会社エーザイが運営するくすりの博物館。医薬の歴史に沿って製薬道具や薬屋の看板、文書などを展示し、約62,000点の医薬専門書を持つ図書館や、約700種の薬草・薬木を育てる薬用植物園を併せ持つ。

可児市久々利にある市立の資料館。志野と瀬戸黒で人間国宝となった陶芸家荒川豊蔵が1984年に創設し、2013年に市へ寄贈された。蔵を模した白壁の館で自作の陶芸や書画、収集した古陶磁を収蔵し、敷地内の旧居や陶房も公開している。

岐阜市宇佐にある県立美術館で、1982年に開館し2019年に改修を経てリニューアルした。山本芳翠や熊谷守一、川合玉堂、前田青邨ら岐阜ゆかりの作家と、フランス象徴主義の画家オディロン・ルドンとその周辺の作品の収集で知られる。

岐阜市本荘にある市立の総合科学館。常設展示室とプラネタリウム、天文台を備え、動く展示や参加体験型の展示を中心に、見て、聞いて、試しながら科学を学べる。直径20mの傾斜式ドームでは当日の岐阜市の星空を生解説で紹介する。

岐阜市大宮町、金華山麓の岐阜公園内にある市立博物館。「金華山と長良川流域文化の歴史」を主題に、岐阜市周辺の歴史を紹介する。2026年11月に総合展示室を刷新し、織田信長の時代の岐阜城下町など戦国時代の展示を大きく充実させた。

岐阜公園内にある岐阜市歴史博物館の分館。岐阜市美殿町出身で日展を中心に活躍した日本画家の兄弟、加藤栄三と加藤東一を顕彰する美術館で、1991年に開館し1994年に市へ移管された。土蔵造り風の建物に本画約200点と素描約3,500点を収蔵する。

岐阜市柳津町の複合施設「もえぎの里」2階にある、岐阜市歴史博物館の分室。柳津出身で富岡製糸場を経営し、古美術収集や芸術家の支援でも知られる実業家原三溪を紹介する。旧柳津町歴史民俗資料館を改めて2016年に開室した。

岐阜市長良の高台にある私立美術館。三甲株式会社の迎賓館として建てられた寝殿造り風の建物を1988年に美術館として公開した。歴代社長が集めたルノワールやシャガール、梅原龍三郎などの洋画のほか、日本画・陶磁器・工芸を所蔵し、沙羅双樹の庭でも知られる。

高山市中山町の丘陵地に1999年に開館した複合型ミュージアム。古代文明の遺跡をモチーフにした建物に、近代日本画や浮世絵、書などの美術品のほか、飛騨地方の化石・岩石や中南米を中心とする世界の考古資料まで幅広く収蔵・展示している。

中津川市苗木にある市立の地質系自然誌博物館。水晶やトパーズの産地として知られる苗木地方に1998年に開館し、地元の研究者親子から寄贈された「長島鉱物コレクション」を柱に、地域の岩石・鉱物と地質を紹介する。建物はペグマタイト中の鉱物に見立てた造り。

瑞浪市明世町にある化石専門の市立博物館。中央自動車道の建設時に行われた化石調査をきっかけに1974年に開館した。約2000万〜1550万年前の海や湖でできた瑞浪層群の化石を中心に25万点以上を収蔵し、地域の自然の移り変わりを紹介している。

美濃加茂市蜂屋町の「みのかも文化の森」の中核となる市立の総合博物館。地域の歴史資料や古文書、昔の暮らしの道具、動植物の標本、美術工芸作品を集め、坪内逍遙や津田左右吉ら地元ゆかりの人物も紹介する。森の散策路や復原した養蚕民家もある。

各務原市下切町にある航空と宇宙の専門博物館で、愛称は「空宙博」。国内2番目の飛行場が造られ航空機産業とともに歩んだ土地に、2018年にリニューアル開館した。現存唯一の三式戦闘機「飛燕」など実機と実物大模型あわせて61機を展示する。

下呂市森の縄文公園に隣接する市立の歴史博物館。峰一合遺跡の発掘成果を公開する考古館として1972年に開館し、2012年のリニューアルで市内5地域の考古・歴史資料を時代順に並べる総合型の館になった。隣の公園には竪穴住居が復元されている。

高山市上一之町の古い町並みの近くにある市立博物館。江戸時代に町年寄を務めた矢嶋家と、酒造りを営んだ永田家の土蔵を展示室に生かし、高山城下町の歴史や、そこで育まれた美術工芸・伝統文化、高山祭などを紹介している。

高山市上岡本町にある野外博物館で、「飛驒の里」と「民俗村」の総称。合掌造りなど国の重要文化財4棟を含む飛驒地方の農山村の民家を移築復元し、民具のコレクションとともに昔の暮らしや季節の行事を再現して伝えている。