熊本市中央区上通町の複合ビル「びぷれす熊日会館」3階にある市立の現代美術館で、2002年に開館した。ジェームズ・タレルや草間彌生ら4人の作家が建築と一体で制作した作品を館内に備え、企画展のほか美術図書を読めるスペースなど気軽に立ち寄れる場も設けている。

熊本市中央区古京町、熊本城の城域にある市立の総合博物館。1952年に開館し、黒川紀章の設計による現在の建物は1978年完成で、2018年にリニューアルした。熊本の歴史・民俗と自然史の資料を常設展示し、地下にはプラネタリウムを備える。

阿蘇市赤水、草千里に面して建つ火山の博物館で、公益財団法人阿蘇火山博物館久木文化財団が運営する。世界最大級の阿蘇カルデラの成り立ちや日本と世界の火山、阿蘇の草原や生き物、文化を紹介する。中岳火口のライブ映像を展示に取り入れている。

天草市の御所浦島にある市立の自然史博物館。「化石の島」と呼ばれる御所浦をはじめ天草地域で見つかった化石を中心に、世界の恐竜の全身骨格も含めて約2,000点の標本を並べ、白亜紀から現代までの天草の約1億年の歴史をたどる。船で渡って訪れる。

上益城郡御船町にある町立の恐竜博物館。白亜紀後期の地層として国内で最も多様な恐竜化石が出る「御船層群」とその化石を調べ、集め、後世に伝えることを使命とする自然史系の専門館で、約1万9千点の資料を収める。研究の様子を見せるオープンラボもある。

球磨郡湯前町にある町立の漫画の美術館で、那須良輔記念館ともいう。湯前町出身の政治漫画家・那須良輔の作品を保存・展示する館として開館した。建物は川魚の群れをモチーフに球磨地方の杉と檜で建てた木造で、くまもとアートポリスの参加作品。

熊本市中央区、特別史跡熊本城の二の丸広場にある県立の総合美術館。1976年に開館し、考古資料から絵画・版画・彫刻・工芸・書まで古代から現代の美術を収める。装飾古墳室を備え、熊本ゆかりの永青文庫・細川コレクションを常に紹介している。

山鹿市鹿央町の岩原古墳群の中にある、装飾古墳を専門とする県立の博物館。国の「風土記の丘構想」に基づき装飾古墳の保護・活用と研究のために設けられた。建物は安藤忠雄の設計で前方後円墳をかたどり、館内に装飾古墳の内部を再現して展示する。

熊本市南区城南町、国史跡・塚原古墳群の公園内にある市立の資料館。1983年に旧城南町の資料館として開館し、地域の遺跡から出土した縄文から古代までの考古資料を中心に、郷土の歴史・民俗資料もあわせて展示する。

熊本市西区島崎の私立美術館。熊本の武人文化を研究した古美術研究家・島田真富の収集品をもとに、1977年に旧宅の跡地で開館した。晩年を熊本で過ごした宮本武蔵の書画や武具など、武蔵ゆかりの資料をまとまって所蔵する。