長崎市出島町の水辺の森公園に隣接する県立美術館で、2005年に開館した。旧県立美術博物館の収蔵品を引き継ぎ、須磨コレクションを起点とするスペイン美術と長崎ゆかりの美術を柱に約9千点を所蔵する。運河をはさむ2棟の建物は日本設計と隈研吾の設計で、屋上庭園もある。

長崎市立山にある、県と市が一体となって運営する歴史博物館で、2005年に開館した。海外交流史をテーマに、旧県立美術博物館や県立長崎図書館、長崎市立博物館の資料をまとめて展示する。江戸時代の長崎奉行所立山役所の一部を復元しているのも特色。

諫早市東小路町にある市立のミュージアム。美術館と歴史博物館の役割を兼ねる市内初の本格的な館として2014年に開館した。諫早公園や眼鏡橋、御書院に近く、諫早の歴史資料とゆかりの美術工芸品を展示する。

大村市東本町の複合施設「ミライon」1階にある市立の歴史資料館。市内外に残る大村の歴史資産を保存して次の世代へ伝える施設で、原始・古代から大村市誕生までの歩みを展示する。申請すれば実物の歴史資料を閲覧できる。

佐世保市島瀬町の中心街にある市の博物館で、公益財団法人佐世保地域文化事業財団が運営する。郷土作家の絵画や書、工芸、出土品など約8,000点を収め、美術展を中心に佐世保の歴史を伝える展示も行う。市民の公募展や貸館展の会場にもなっている。

長崎市野母町の長崎半島南端にある市立の恐竜博物館。2021年に開館した。長崎半島の白亜紀の地層で見つかった恐竜化石をテーマに、地球と生命の歴史や長崎の自然史を紹介する。オランダから来たティラノサウルス「トリックス」の全身骨格レプリカを展示する。

平戸市生月町、生月大橋を渡った生月島にある市の博物館。江戸時代に日本最大規模だった益冨組の捕鯨、迫害の中で受け継がれたかくれキリシタンの信仰、島の漁業や農業の暮らしを、資料や模型、映像で紹介する。

平戸市鏡川町にある、平戸藩主松浦家に伝わった資料を保存・公開する博物館。長崎県で最も歴史のある博物館とされ、明治26年築の松浦家私邸「鶴ヶ峯邸」を館に使う。海外貿易やキリスト教にかかわる古文書、藩主松浦静山の収集品などを収める。

長崎市大浦町にある孔子廟と博物館の複合施設。孔子廟は1893年に清朝政府と在日華僑の協力で建てられた中国様式の廟で、1983年に併設された博物館では清朝の陶磁器など中国の歴史と文化を伝える文物を展示する。