大津市瀬田南大萱町、びわこ文化公園の緑の中に建つ県立美術館。1984年に滋賀県立近代美術館として開館し、改修を経て現在の名称となった。小倉遊亀ら滋賀ゆかりの日本画、ロスコなど戦後の欧米美術、アール・ブリュットを収集の柱にしている。

草津市下物町、琵琶湖に突き出た烏丸半島にある県立の総合博物館。「湖と人間」をテーマに、古代湖としての琵琶湖の成り立ち、湖辺の人々の暮らしと歴史、湖の生きものを扱う。淡水の生きものを生きた姿で見られる水族展示を併せ持つのが特色。

愛知郡愛荘町松尾寺にある町立の歴史博物館。湖東三山の一つ金剛輪寺の近くに建ち、同寺ゆかりの仏教美術や工芸品、町内の祭礼など、愛荘町の歴史と文化を紹介する。ボストン美術館が所蔵する金剛輪寺旧蔵の金銅聖観音坐像の再現品も見られる。

大津市御陵町にある市立の歴史博物館で、愛称は「大津れきはく」。平成2年に開館し、大津や近江の歴史・美術・考古・民俗にわたる資料を収集・展示する。常設展示では大津宮や坂本・大津百町などの町並み模型、大津絵や近江八景を実物資料とともに紹介する。

大津市比叡平の住宅地にある私立美術館。昭和52年に滋賀県初の私立美術館として琵琶湖畔で開館し、平成20年に現在地へ移った。竹内栖鳳や山元春挙など京都画壇を軸とした近代日本画を中心に、法住寺殿跡出土の重要文化財の武具も所蔵する。

大津市中庄にある、膳所焼と茶道具の美術館。昭和62年に岩崎新定が設立し、岩崎家が受け継いできた江戸時代以来の古膳所焼や滋賀県の古陶磁、茶道具類を公開する。敷地内に庭園と茶室があり、入館者には抹茶でもてなしている。

甲賀市信楽町勅旨にある、やきものをテーマにした県立の公園施設。平成2年に開設され、国内外の陶芸作品を収集・展示する陶芸館（美術館）、信楽焼を紹介する信楽産業展示館、作家が滞在して制作する創作研修館などが園内に点在する。

甲賀市信楽町田代の湖南アルプスの山中にある私立美術館。I.M.ペイが設計した建物で、エジプト・西アジア・ギリシャ・ローマ・中国など世界の古代美術と、日本美術の優品を所蔵・展示する。春季・夏季・秋季の期間に開館している。

長浜市公園町の史跡長浜城跡に建つ市立の歴史博物館。羽柴秀吉が築いた長浜城と戦国時代の長浜をテーマにした常設展示のほか、湖北・長浜の歴史や文化を取り上げる企画展を開く。最上階の展望台からは琵琶湖を一望できる。

東近江市五個荘竜田町にある「書の文化にふれる博物館」。日本習字教育財団が運営し、創立者の原田観峰が集めた中国近現代の書画や碑版法帖、日本の書画・和本など約2万5千点を収蔵する。康煕帝の離宮内部を再現した展示室や復元石碑もある。

彦根市金亀町の彦根城内にある市立博物館。昭和62年に市制50周年を記念し、彦根城表御殿の跡地にその復元を兼ねて建てられた。彦根藩主井伊家に伝わった約4万5千点の美術工芸品や古文書を中核に、武具・能面・茶道具・湖東焼などを収蔵する。

守山市水保町の琵琶湖畔にある美術館。佐川急便の創業40周年記念事業として1998年に開館し、日本画家の平山郁夫、彫刻家の佐藤忠良、陶芸家の樂直入の作品を中心に収蔵・展示する。水庭に浮かぶように建つ3棟の建物で知られる。

野洲市辻町にある市立の歴史民俗博物館で、銅鐸博物館の名で親しまれる。日本最大級の銅鐸が見つかった大岩山の出土品を中心に、銅鐸の誕生や作り方、絵画を紹介し、古代から近現代までの野洲の歴史と民俗の資料も展示する。

栗東市小野にある市立の歴史民俗博物館。栗東とその周辺地域の歴史と文化を調査・研究し、文化遺産を後世に伝えるため平成2年に開館した。地域の歴史と民俗をたどる通史展示や小地域展を開き、本館の向かいには登録有形文化財の旧中島家住宅が移築されている。

近江八幡市永原町上の重要伝統的建造物群保存地区にある美術館。昭和初期の町屋「旧野間邸」を改修し、2004年に開館した。社会福祉法人が運営し、障害のある人たちの造形表現や現代アートなどを分け隔てなく紹介する「ボーダレス・アート」を掲げる。

大津市の近江神宮境内にある時計と宝物の博物館。漏刻を設けた天智天皇をまつる神社が昭和38年に国内初の時計博物館として開き、平成22年に改装。1階に和時計や古今東西の時計、2階に奉納された美術工芸品を並べる。

彦根市の滋賀大学彦根キャンパスにある史料館。前身の彦根高等商業学校の近江商人研究室に始まり、近江商人家の文書や中世の村の文書、商社の史資料などを収蔵する。1階が展示室、2階が閲覧室。