ミュージアムショップ

1階ロビーで、クジラにちなんだ商品や館のオリジナルグッズを販売している。

企画展示室・図書室

企画展示室で絵画や写真の美術展・企画展を開くほか、キリシタンや鯨の関係図書を読める図書室がある。

フィッシャーマンズアリーナ

平戸近海の漁法を模型や映像で紹介する展示室。歩いて回れる定置網の模型や約250種の魚の剥製がある。

島の暮らし・かくれキリシタン

2階の展示室で、島の生業や暮らしと、長い迫害に耐えて伝えられたかくれキリシタンの信仰を伝える。

勇魚とりの物語

1階第1展示室で、享保年間に始まり日本一の鯨組に育った益冨組の捕鯨の歴史を紹介する。