ミュージアムショップ

収蔵品をもとにした絵葉書や文具などのオリジナルグッズ、熊本城関連の品、ガイドブックを扱う。

講座・こども学び教室

自然観察会や工作教室など、大人向けの講座と小中学生向けの体験型教室を年間を通して開く。

プラネタリウム

地下1階にあり、星空を解説する一般番組や子ども向けのファミリー番組を日ごとに投映する。

特別展・企画展

熊本城や郷土の歴史、自然などのテーマを掘り下げる展示を季節ごとに開く。

常設展示

1階は加藤清正の肥後入国や御座船「波奈之丸」など歴史・民俗を、2階は熊本5億年の大地の歩みや江津湖・金峰山の生きものなど自然史を扱う。