レストラン

館内にレストラン「銀嶺」があり、見学の合間や閉館後の時間にも食事ができる。

伝統工芸体験工房・資料閲覧室

長崎の伝統工芸を体験できる工房と、資料を調べられる閲覧室がある。

企画展

3階の企画展示室で、テーマを決めた期間限定の展覧会を年に数回開く。

長崎奉行所ゾーン

復元した奉行所の建物で、行政や貿易などを担った奉行所の仕事を紹介する。

常設展

歴史文化展示ゾーンで、長崎と海外との交流の歴史を資料でたどる。特集展示も入れ替えて行う。